Správca dane vám zvyčajne kontrolu ohlási doručením oznámenia o daňovej kontrole. Samotná kontrola v takom prípade začne dňom určeným v oznámení. Ak nedokážete stanovený termín začiatku kontroly dodržať, môžete o tom správcu vyrozumieť do 8 dní od doručenia oznámenia a dohodnúť si nový termín jej začatia. Kontrola však musí v každom prípade začať do 40 dní od doručenia oznámenia o daňovej kontrole.
Aj bez oznámenia možno kontrolu začať napríklad vtedy, keď jej vykonanie žiadajú orgány činné v trestnom konaní alebo ak existuje podozrenie, že by s účtovnými či inými dokladmi mohlo byť nevhodným spôsobom manipulované. V týchto prípadoch zistíte začiatok kontroly zo zápisnice o začatí daňovej kontroly.
Okamih začiatku kontroly je dôležitý (aj) preto, že sa od neho odvíja lehota jej maximálneho trvania. Správca dane má na jej vykonanie najviac 1 rok od jej začatia. K výnimočnému prekročeniu obmedzenia jej trvania môže dôjsť len pri jej prerušení (v dôsledku iného konania, v ktorom sa rieši otázka dôležitá aj pre správne posúdenie daňových povinností) alebo v prípade týkajúcom sa tzv. závislých osôb, u ktorých ju možno predĺžiť najviac o 12 mesiacov.
Z oznámenia či zápisnice o začatí kontroly zistíte aj miesto jej výkonu a kontrolované zdaňovacie alebo účtovné obdobie. Správca však môže kontrolu v jej priebehu rozšíriť, ak zistí skutočnosti nasvedčujúce tejto potrebe. Rozšírenie kontroly o iné zdaňovacie či účtovné obdobie, inú daň alebo o skúmanie dodržiavania osobitných povinností vám však musí bez zbytočného odkladu oznámiť písomne.
Kontrolu voči vám môže vykonať aj správca dane, ktorý voči vám nie je príslušný; uvedené neplatí, ak ide o dane spravované obcou.
Všeobecne platí, že správca dane nemôže vyrubiť daň ani rozdiel dane, príp. uplatniť nárok na sumu podľa osobitných predpisov po uplynutí piatich rokov od konca roka, v ktorom vznikla povinnosť podať daňové priznanie alebo v ktorom ste mali povinnosť zaplatiť daň bez nutnosti podania daňového priznania, resp. v ktorom vám vznikol nárok na uplatnenie sumy podľa osobitných predpisov.
V niektorých prípadoch sa ale uvedená lehota na vyrubenie dane môže predĺžiť ( bližšie viď napr.: Aké staré daňové dlhy možno ešte vymáhať? ). Ak teda správca dane už daň za určité obdobie nestihne vyrubiť, nemá v zásade ani zmysel ho kontrolovať.